En funksjonell tilpasning er en struktur eller atferd som har oppstått en gang i evolusjonshistorien til en art for å hjelpe den arten eller dens forgjengers overlevelse. Et vanntett eggeskall er for eksempel en funksjonell tilpasning som oppsto blant reptiler som svar på behovet for å legge egg i tørre tørkemiljøer der permeable eggeskall ville ha tørket ut.
Funksjonelle tilpasninger er kjernen i evolusjonen. Strukturer som øker sannsynligheten for å overleve for en organisme, favoriseres sterkt av naturlig utvalg, slik at de vises i stadig større antall fra en generasjon til den neste til egenskapen blir fast og hvert medlem av befolkningen har dem. Noen ganger gjør funksjonelle tilpasninger overgangen fra en funksjon til en annen. Et eksempel på dette er fjær. Fjær oppsto under mesozoikum som en form for isolasjon for noen dinosaurarter. De var funksjonelle som isolasjon hos disse artene. Med tiden endret formen på noen fjær seg for å tillate flukt blant forfedrene til moderne fugler. Fjær fikk dermed en ny funksjon i løpet av fuglevolusjonen.
En gang funksjonelle tilpasninger kan miste sin funksjon. Disse vestigiale tilpasningene er ikke alltid ubrukelige. Den menneskelige halebenet eller halebenet er et eksempel på en vestigial tilpasning. Det fungerer fortsatt som et festepunkt for muskler, men anses å ha sterkt reduserte funksjoner fra forfedres former.
